学部：
神学部、神学系、キリスト教倫理系、キリスト教文化系
文学部、哲学科、史学科、国文学科、英文学科、ドイツ文学科、フランス文学科、新聞学科
総合人間科学部、教育学科、心理学科、社会学科、社会福祉学科、看護学科
法学部、法律学科、国際関係法学科、地球環境法学科
経済学部、経済学科、経営学科
外国語学部、英語学科、ドイツ語学科、フランス語学科、イスパニア語学科、ロシア語学科、ポルトガル語学科
総合グローバル学部、総合グローバル学科
国際教養学部、国際教養学科
理工学部、物質生命理工学科、機能創造理工学科、情報理工学科、グリーンサイエンス/エンジニアリング（理工学部英語コース）
SPSF（Sophia Program for Sustainable Futures）
大学院修士課程：
神学研究科、神学専攻
文学研究科、哲学専攻、史学専攻、国文学専攻、英米文学専攻、英米文学専攻、フランス文学専攻、新聞学専攻、文化交渉学専攻
実践宗教学研究科、死生学専攻
総合人間科学研究科、教育専攻、心理学専攻、社会学専攻、社会福祉専攻、看護学専攻
法学研究科・ 法科大学院、法律学専攻、法曹養成専攻（法科大学院）
経済学研究科、経済学専攻、経営学専攻
言語科学研究科、言語学専攻
グローバル・ スタディーズ研究科、国際関係論専攻、地域研究専攻、グローバル社会専攻、国際協力学専攻
理工学研究科、理工学専攻・機械工学領域、理工学専攻電気・電子工学領域、理工学専攻・応用化学領域、理工学専攻・化学領域、理工学専攻・数学領域、理工学専攻・物理学領域、理工学専攻・生物科学領域、理工学専攻・情報学領域、理工学専攻・グリーンサイエンス・エンジニアリング領域
地球環境学研究科、地球環境学専攻
